1.如果WIN2000系统安装在非C盘，就可以直接格掉，然后修改Boot.ini文件即可，就是将"multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)WINDOWS="你所删除的系统名称，比如你删除的是Windows2000，那么这儿就是Windows2000serverl"/fastdetect"这一行删除即可。

2.WIN2000如果安装在C盘，就需要使用Win2000/XP的安装光盘。使用安装光盘启动后，按Enter键"开始安装"，按F8键进入选择安装分区的界面，选中C盘，按D键删除C盘，然后按C键重建一个C盘。当然，你也可以使用大名鼎鼎的PQMagic、SystemCommand的同门师兄PartitionCommand等来删除C盘并重建C盘

3.删除C盘后，要使用余下的系统相应的安装光盘启动进入"恢复控制台"进行修复(如果是多系统的，则使用最高版本的系统的安装光盘)。
修复WinXP系统，按"R"键，进入"故障恢复控制台"界面，系统这时会搜寻已安装的WinXP系统文件，然后显示搜寻结果，并询问"要登录到哪个WinXP安装"，选择WinXP的安装目录并回车，系统会再询问"管理员密码"，再键入安装WinXP时设置的管理员密码，系统这时会搜寻已安装的WinXP系统文件，当出现WinXP系统文件的安装目录，比如D:＼Windows时，需要输入修复命令Fixboot将新的分区引导扇区写到指定分区，后面的参数为启动扇区要写入的磁盘盘符，这里填入C:，回车。修复完成，键入Exit退出，重启后就成功修复。